Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Juries

Teaching

• Master: Grégory Batt (coordinator and teacher: 48h) and Jakob Ruess (24h), Computational Biology, M1, Master Approches Interdisciplinaires du Vivant (AIV).

• Master: Grégory Batt (6h) and Denis Thieffry (coordinator), Dynamical Modelling of Cellular Regulatory Networks, M2, Interdisciplinary Master in Life Science at the Ecole Normale Supérieure, Paris.

• Master/PhD: Grégory Batt (co-coordinator 80h, teacher 8h) and Jakob Ruess (8h), Modeling and engineering of biological systems, M2/PhD, Institut de Technologie et d’Innovation of Paris Sciences et Lettres (PSL-ITI), Paris.

• Master: Chiara Fracassi (48h), Experimental Methods in Biophysics, M1, Master Approches Interdisciplinaires du Vivant (AIV).

• Master: François Fages (coordinator module 48h, teaching 12h), Grégory Batt (12h), and Denis Thieffry (12h), C2-19 Computational Methods for Systemic and Synthetic Biology, Master Parisien de Recherche en Informatique (MPRI), Paris.

• Doctorate: François Fages (6h), Méthodes formelles pour la biologie des systèmes, Ecole Thématique Modélisation Formelle des Réseaux de Régulation Biologique, Ile de Porquerolles, 6-10 June 2016

• Master: Chiara Fracassi, Dynamics of Living Systems, 24h, M1, Master Approches Interdisciplinaires du Vivant (AIV).

• Master: Thierry Martinez, Développement logiciel, 17h, M1, Ecole des Ponts et Chaussée, Champs-sur-Marne.

• Master: Sylvain Soliman, C2-35-1 Constraint Programming, coordinator and teaching 24h, M2, Master Parisien de Recherche en Informatique (MPRI), Paris.

• Master: Pauline Traynard, Introduction to Linux and Programming with Python and R, M1, M2, 30h, master IMaLiS du département de biologie de l'ENS,

Supervision

• PhD : Pauline Traynard, Model Building by Temporal Logic Constraint Solving: Investigation of the Coupling between the Cell Cycle and the Circadian Clock, Université Paris Diderot, Paris (Oct 2012), Dir. François Fages and Denis Thieffry (ENS), 10 May 2016.

• PhD : François Bertaux. Cell-based multi-scale modeling for systems and synthetic biology: from stochastic gene expression in single cells to spatially organized cell populations. Université Paris - Diderot, Dir. Dirk Drasdo (EPI MAMBA) and Grégory Batt, 15 May 2016.

• PhD : Jean-Baptiste Lugagne, Université Paris Diderot, Paris (Oct 2012), Dir. Grégory Batt and Pascal Hersen (CNRS, MSC), 13 Dec 2016.

• PhD in progress: Jonas Sénizergues, Université Paris Diderot, Paris (Oct 2015, until August 2016), Dir. François Fages and Sylvain Soliman.

• PhD in progress (Sept 2016-): Virgile Andréani, Ecole Polytechnique, Paris , Dir. Grégory Batt and Lingchong You (Duke U.).

• PhD in progress (Dec 2016-): Jean-Baptiste Caron, relais thèse Inria, Dir. Grégory Batt.

Juries

• HDR: Morgan Magnin, “Contributions à l'élaboration de connaissances qualitatives en bio-informatique”, Ecole Centrale de Nantes, François Fages, Reviewer, 28 avril 2016.

• Ph.D.: Simona Catozzi, “Retroactivity in Signal Transduction”, Univ. Nice Sophia-Antipolis, François Fages, Examiner, 15 Dec. 2016.

• Ph.D.: Alexandre Temperville, “Bases creuses en algèbre linéaire exacte et simplification algorithmique de modèles biologiques”, Université de Lille, François Fages, Reviewer, 11 juillet 2016.

• Ph.D.: Ignacio Salas, “Packing Curved Objects with Interval Methods”, Ecole des Mines de Nantes, François Fages, Reviewer, Chairman of the Jury, 29 avril 2016.

• Ph.D.: Louis Fippo Fitime, “Modélisation hybride, Analyse et Vérification Quantitative des grands réseaux de régulation biologique”, École Centrale de Nantes, Sylvain Soliman, Examiner, November 28, 2016.

• Ph.D.: Adel Mezine, “Conduite d'expériences par apprentissage actif pour l'identification de systèmes dynamiques biologiques”, Paris-Saclay University, Grégory Batt, Reviewer, October 11, 2016.