Section: Dissemination

Teaching - Supervision - Juries

Teaching

• Licence: Samuel Bernard: Algèbre Linéaire, 15h, L3, INSA

• Licence: Samuel Bernard: EDO-EDP, 15h, L3, INSA

• Licence : Ronan Duchesne, Anglais, 5h, L3

• Licence : Ronan Duchesne, Modélisation des systèmes biologiques, 22h, L3

• Licence : Ronan Duchesne, Bioinformatique, 20h, L3

• Licence : Ronan Duchesne, Développement, 4h, L3

• Licence : Simon Girel, Fondamentaux des mathématiques 1, 86h, L1, Université Lyon 1, France

• Licence : Simon Girel, Introduction à l'analyse numérique, 10h, L1, Université Lyon 1, France

• Licence: Laurent Pujo Menjouet, Fondamentaux des mathématiques I, 138h EQTD, L1, UCBL 1, FRANCE

• Licence: Laurent Pujo Menjouet, Introduction à l’analyse numérique, 62h EQTD, L2, UCBL 1, FRANCE

• Licence: Laurent Pujo Menjouet, bio-mathématiques et modélisation BISM, 10.5h EQTD, L3 UCBL 1, FRANCE

• Licence: Laurent Pujo Menjouet, 3ème année biosciences BIM: EDO, 35h EQTD, INSA Lyon, FRANCE

• Licence : L. M. Tine, Techniques mathématiques de base, 53h (EqTD), niveau L0, Lyon 1, France.

• Licence : L. M. Tine, Techniques mathématiques de base, 62h (EqTD), niveau L1, Lyon 1, France.

• Licence : L. M. Tine, Initiation LaTex+ stage, 12h (EqTD), niveau L3, Lyon 1, France.

• Master : Samuel Bernard, Population Dynamics, 36h ETD, M2, UCBL, Lyon.

• Master : Mostafa Adimy, Population Dynamics, 9h ETD, M2, UCBL, Lyon.

• Master : Mostafa Adimy, Epidemiology, 12h ETD, M2, UCBL, Lyon.

• Master : Ronan Duchesne, Biologie du développement, 12h, M1

• Master : Ronan Duchesne, Statistiques, 2h, M1

• Master : Ronan Duchesne, Adaptation, 2h, M1

• Master : Ronan Duchesne, Practicals in statistics and modelling for the biosciences, 28h, M2

• Master: Thomas Lepoutre, préparation à l'option pour l'agrégation, 45 h eq TD, M2 UCBL 1, FRANCE

• Master: Laurent Pujo Menjouet, maths appliquées et statistiques: Systèmes dynamiques, 78h EQTD, M1, UCBL 1, FRANCE,

• Master: Laurent Pujo Menjouet, master modélisation des systèmes complexes: modelling biology and medicine, M2, 9h EQTD, ENS-Lyon, FRANCE

• Master: Laurent Pujo Menjouet,INSA 4ème année biosciences BIM: ED-EDP, 22h EQTD, M1 INSA Lyon, FRANCE

• Master: L. M. Tine, Maths en action, Remise à niveau analyse, 12h (EqTD), niveau M2, Lyon 1, France.

• Master: L. M. Tine, Maths en action, épidémiologie, 18h (EqTD), niveau M2, Lyon 1, France.

Supervision

• PhD in progress: Aurélien Canet, “Contribution à l’étude de la quantification de la réponse d’une tumeur solide après un traitement par radiothérapie”, Université Lyon, since January 2016, encadrants: Larry Bodgi, Nicolas Foray and Laurent Pujo Menjouet.

• PhD in progress: Kyriaki Dariva , "Modélisation mathématique des interactions avec le système immunitaire en leucémie myéloide chronique". Université Lyon 1, September 2018, supervisor : Thomas Lepoutre

• PhD in progress: Ronan Duchesne, “Vers un modèle multi-échelle de la différentiation cellulaire : Application à la différentiation érythrocytaire”, École normale supérieure de Lyon and Université Lyon 1, since September 2016, supervisors: Olivier Gandrillon and Fabien Crauste.

• PhD in progress: Alexey Koshkin, Inferring gene regulatory networks from single cell data , ENS de Lyon, since September 2018, supervisors : Olivier Gandrillon and Fabien Crauste.

• PhD in progress : Paul Lemarre, " Modélisation des souches de prions". Université Lyon 1, since May 2017, supervisors Laurent Pujo Menjouet et Suzanne Sindi (University of California, Merced)

• PhD : Arnaud Bonnafoux, Vers une inférence automatique de réseaux de gènes dynamiques à partir de « mégadonnées » temporelles discrètes acquises sur cellules uniques, Université Lyon 1, October 2018, Olivier Gandrillon (CIFRE with the COSMOTECH).

• PhD : Loïs Boullu, Modélisation de la mégacaryopoïèse et applications aux maladies liées â la production des plaquettes, Université Lyon 1, November 2018, Laurent Pujo Menjouet and Jacques Bélair (co-tutelle avec l'Université de Montréal).

• PhD : Simon Girel, Modélisation de la réponse immunitaire T CD8 : analyse mathématique et modèles multi-échelles, Université de Lyon, November 2018 , encadrant: Fabien Crauste.

• PhD : Ulysse Herbach, Modèles graphiques probabilistes pour l’inférence de réseaux de gènes, Université Lyon 1, September 2018, Olivier Gandrillon, Thibault Espinasse (ICJ) and Anne-Laure Fougères (ICJ).

Juries

We separate the juries of team members from external participations. PhD Defense within the team in 2018

• Arnaud Bonnaffoux (O. Gandrillon supervisor),

• Lois Boullu (L. Pujo Menjouet supervisor, M. Adimy and F. Crauste examiners),

• Ulysse Herbach (O. Gandrillon supervisor)

• Simon Girel (F. Crauste supervisor L. Pujo Menjouet examiner).

• M. Adimy: PhD of Linlin Li, Mathematical analysis of a model of partial differential equations describing the adaptation of mosquitoes facing the usage of insecticides, University of Bordeaux, reviewer.

• M. Adimy: PhD of Zhengyang Zhang, A class of state-dependent delay differential equations and applications to forest growth, University of Bordeaux, examiner.

• V. Volpert: PhD of Guillaume Cantin, Étude de réseaux complexes de systèmes dynamiques dissipatifs ou conservatifs en dimension finie ou infinie. Application à l’analyse des comportements humains en situation de catastrophe. Université Le Havre Normandie, examiner.

• S. Bernard : Charles Rocabert, Etude de l'évolution de micro-organismes bactériens par des approches de modélisation et de simulation informatique, INSA Lyon, (examiner)